Secondo una antica denominazione, la chiesa era detta di S. Giovanni de Buttis (Rationes Decimarum) nome forse derivante dai due archi (buttis) costituenti il ponte romano sul quale, intorno al XV secolo, fu costruita questa Chiesa dedicata a S. Giovanni Battista ed era di proprietà dell’Ordine Ospedaliero dei Cavalieri di Malta. Il percorso del fiume fu ben presto deviato per salvaguardare la chiesa e l’abitazione del Commendatore dalle frequenti inondazioni che interessavano, assai di frequente, l’intera valle del Naia.

Faceva parte, fino all’unità d’Italia, del ricco patrimonio dei “ beni spettanti alla Commenda di S. Giovanni di Eudes per la Sacra Religione Gerosolimitana”.
Da allora questa chiesa è rimasta nell’abbandono totale, devastata dall’usura del tempo e dall’incuria e dai furti degli uomini.
Essa è descritta nel 1726, negli “Inventari 18”, conservato presso l’Archivio della Curia Vescovile di Todi, con queste parole :
“ La chiesa di S. Giovanni battista di Eudes è posta, situata sulla strada Flaminia, nel territorio di Acquasparta sopra due archi di pietra fortissimi che formano un ponte. Ha due porte. La principale è verso tramontana, sopra la quale è una pietra con la seguente iscrizione “ D.O.M.ac Divo Ioanni Baptiste patrono Ordinis Hierosolimitani”.
(Di questa lapide è ancora visibile la malta con cui era fissata sopra l’architrave).
Sopra la detta pietra vi è un tondo, ovvero occhio per illuminare la chiesa, e da un lato verso levante sopra il tetto vi è un campanile piccolo con una campana con le seguenti parole “Frater Camillus Barattus eques hierosolimitanus, A.D. MDLXXXX”. (Di questa campana, collocata sul campanile fino a qualche decennio fa, non vi sono più tracce).

L’altra porta poi più piccola è dalla parte di levante. Nella detta(chiesa) vi è un solo altare, in detto altare, cioè nel muro sono dipinte le sacre immagini, cioè in mezzo S. Maria Maddalena, dal lato Evangelio S. Giovanni Battista e sopra l’Annunziata, dall’altro lato dell’epistola S. Francesco, e sopra l’Angelo Gabriele; vi è anche in detto lato dell’epistola la seguente iscrizione “Nicolao Ioanne, Matteo, Comite ductore et Procuratore et in piede alle dette pitture vi è questa iscritione, cioè Laurentius Ventura patritius Senensis Eques Hierosolimitanus aere proprio 1602”, da un lato e l’altro vi sono parimente dipinte due arme, dove sopra sono due rose, in mezzo una sbarra e sotto una altra rosa, sopra la croce di Malta. Sopra poi al detto altare appeso nel muro vicino all’immagine di S. Maria Maddalena sta un crocifisso vecchissimo di legno di grande veneratione, sopra la croce su la quale vi è un sciugatore”.

Il crocifisso “antichissimo” (inizio XIV sec.) è di scuola Umbra e antecedente l’attuale chiesa ed era assai venerato. Fu trasportato nel 1888, accompagnato da una folla immensa di acquaspartani, nella Chiesa di S. Francesco e collocato sull’altare di destra entrando. Lo stesso trovasi ora nella Chiesa di S. Cecilia.

La Chiesa di S. Giovanni di Budes, di stile romanico, è una delle tante presenti nel territorio che si affaccia sulla Flaminia da Carsulae a Massa Martana. Vogliamo ricordare le più vicine come S. Maria Assunta in Quadrelli, S. Bartolomeo in Casteltodino, S. Lucia sempre nel territorio di Acquasparta ad est della Flaminia, l’abbazia di Villa S. Faustino, S. Maria in Pantano e SS. Terenzio e Fidenzio nel Comune di Massa Martana.
Questo edificio sacro cristiano costruito su di un ponte di una strada consolare romana di oltre duecento anni antecedente l’era cristiana, ci sta a ricordare il faticoso e fertile connubio, faticosamente realizzatosi tra cristianesimo e paganesimo, tra mondo latino – cristiano e mondo germanico .
In fondo, in questa “unità”, ritroviamo l’identità culturale di queste terre il cui humus è latino e cristiano maturato nel crogiolo prodotto con l’impatto con le diverse etnie barbariche.